在海南省設(shè)立符合條件的分支機構(gòu)適用15%的企業(yè)所得稅稅率，位于海南自由貿(mào)易港以外的總機構(gòu)不適用15%的企業(yè)所得稅稅率。分支機構(gòu)企業(yè)所得稅分配參見國家稅務(wù)總局公告2012年第57號印發(fā)的《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》。

《關(guān)于海南自由貿(mào)易港企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的通知》（財稅〔2020〕31號）：

一、對注冊在海南自由貿(mào)易港并實質(zhì)性運營的鼓勵類產(chǎn)業(yè)企業(yè)，減按15%的稅率征收企業(yè)所得稅。

本條所稱鼓勵類產(chǎn)業(yè)企業(yè)，是指以海南自由貿(mào)易港鼓勵類產(chǎn)業(yè)目錄中規(guī)定的產(chǎn)業(yè)項目為主營業(yè)務(wù)，且其主營業(yè)務(wù)收入占企業(yè)收入總額60%以上的企業(yè)。所稱實質(zhì)性運營，是指企業(yè)的實際管理機構(gòu)設(shè)在海南自由貿(mào)易港，并對企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營、人員、賬務(wù)、財產(chǎn)等實施實質(zhì)性全面管理和控制。對不符合實質(zhì)性運營的企業(yè)，不得享受優(yōu)惠。

海南自由貿(mào)易港鼓勵類產(chǎn)業(yè)目錄包括《產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整指導(dǎo)目錄（2019年本）》、《鼓勵外商投資產(chǎn)業(yè)目錄（2019年版）》和海南自由貿(mào)易港新增鼓勵類產(chǎn)業(yè)目錄。上述目錄在本通知執(zhí)行期限內(nèi)修訂的，自修訂版實施之日起按新版本執(zhí)行。

對總機構(gòu)設(shè)在海南自由貿(mào)易港的符合條件的企業(yè)，僅就其設(shè)在海南自由貿(mào)易港的總機構(gòu)和分支機構(gòu)的所得，適用15%稅率；對總機構(gòu)設(shè)在海南自由貿(mào)易港以外的企業(yè)，僅就其設(shè)在海南自由貿(mào)易港內(nèi)的符合條件的分支機構(gòu)的所得，適用15%稅率。具體征管辦法按照稅務(wù)總局有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。

《關(guān)于海南自由貿(mào)易港企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策有關(guān)問題的公告》（國家稅務(wù)總局海南省稅務(wù)局公告2020年第4號）：

 一、鼓勵類產(chǎn)業(yè)企業(yè)減按15%稅率征收企業(yè)所得稅問題

（一）注冊在海南自由貿(mào)易港（以下簡稱自貿(mào)港）并實質(zhì)性運營的鼓勵類產(chǎn)業(yè)企業(yè)，減按15%的稅率征收企業(yè)所得稅。本款規(guī)定所稱企業(yè)包括設(shè)立在自貿(mào)港的非居民企業(yè)機構(gòu)、場所。

（二）對總機構(gòu)設(shè)在自貿(mào)港的企業(yè)，僅將該企業(yè)設(shè)在自貿(mào)港的總機構(gòu)和分支機構(gòu)（不含在自貿(mào)港以外設(shè)立的二級以下分支機構(gòu)在自貿(mào)港設(shè)立的三級以下分支機構(gòu)）納入判斷是否符合規(guī)定條件范圍，設(shè)在自貿(mào)港以外的分支機構(gòu)不納入判斷范圍；對總機構(gòu)設(shè)在自貿(mào)港以外的企業(yè)，僅就設(shè)在自貿(mào)港的分支機構(gòu)（不含在自貿(mào)港以外設(shè)立的二級以下分支機構(gòu)在自貿(mào)港設(shè)立的三級以下分支機構(gòu)）判斷是否符合規(guī)定條件，設(shè)在自貿(mào)港以外的總機構(gòu)和分支機構(gòu)不納入判斷范圍。

《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2012年第57號印發(fā)）：

第二條  居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，該居民企業(yè)為跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)（以下簡稱匯總納稅企業(yè)），除另有規(guī)定外，其企業(yè)所得稅征收管理適用本辦法。

第六條  匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計算的企業(yè)所得稅，包括預(yù)繳稅款和匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機構(gòu)間分攤，各分支機構(gòu)根據(jù)分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構(gòu)分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。具體的稅款繳庫或退庫程序按照財預(yù)〔2012〕40號文件第五條等相關(guān)規(guī)定執(zhí)行。

第十五條  總機構(gòu)應(yīng)按照上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構(gòu)分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構(gòu)，其營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構(gòu)；三因素的權(quán)重依次為0.35、0.35、0.30。

計算公式如下：

某分支機構(gòu)分攤比例=（該分支機構(gòu)營業(yè)收入／各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+（該分支機構(gòu)職工薪酬／各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額／各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30

分支機構(gòu)分攤比例按上述方法一經(jīng)確定后，除出現(xiàn)本辦法第五條第（四）項和第十六條第二、三款情形外，當年不作調(diào)整。

第十八條 對于按照稅收法律、法規(guī)和其他規(guī)定，總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構(gòu)統(tǒng)一計算全部應(yīng)納稅所得額，然后按本辦法第六條規(guī)定的比例和按第十五條計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區(qū)機構(gòu)的應(yīng)納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應(yīng)納稅額后加總計算出匯總納稅企業(yè)的應(yīng)納所得稅總額，最后按本辦法第六條規(guī)定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構(gòu)和分支機構(gòu)分攤就地繳納的企業(yè)所得稅款。

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